Berdasarkan Peraturan Pemerintah RI No:56 Tahun 1996 tentang Pembentukan Kabupaten Administratif Paniai serta UU No 45 Tahun 1999 Tentang Pembentukan Propinsi Irian Jaya Barat, Propinsi Irian Jaya Tengah, Kabupaten Mimika dan Kota Sorong, maka pada Tahun 2001 Terbentuk Kabupaten Paniai yang Devinitif.

Kabupaten Paniai pada awal terbentuknya terdiri dari 11 Distrik. Pada perkembangan selanjutnya, tahun 2008 dilakukan pemekaran wilayah untuk meningkatkan keefektifan pelayanaan kepada masyarakat.

Distrik Tahun 2003 Distrik Tahun 2008 Ibukota Jumlah Desa
Tigi Tigi Wenghele 7
  Kapiraya Komautc 1
  Tigi Barat Ayatei 12
Tigi Timur Tigi Timur Damabagata 6
Paniai Timur Paniai Timur Enarotali 18
  Yatamo Epouto 4
  Kebo Kebo 11
Bibida Bibida Bibida 2
  Dumadama Duma 2
Sugapa Sugapa Yokatapa 9
  Hitadipa Wabui 5
Homeyo Homeyo Pogapa 10
Aradide Aradide Komopa 7
  Ekadide Pasir Putih 5
Paniai Barat Paniai Barat Obano 12
  Siriwo Dadou 3
Bogobaida Bogobaida Bogobaida 6
Mbian Doga Mbiandoga Mbiandoga 6
  Wandai Sabisa 1
Agisiga Agisiga Agisiga 6
  Bouwobado Kopai 3
11 21 21 136
Sumber : Kabupaten Paniai Dalam Angka, tahun 2008