Luas Kota Jayapura adalah 940 Km2 atau 940.000 Ha, terdiri dari 5 distrik, terbagi habis menjadi 25 kelurahan dan 14 kampung. Sedangkan untuk letak astronomis, Kota Jayapura terletak pada 1°28”17,26”LS - 3°58’082”LS dan 137°34’10,6”BT - 141°0’8’22”BT.